Wybudowany w latach 2003-2012. Proboszczem w tych latach był ks. Henryk Kołodziejczyk. Aktu dedykacji kościoła w dniu 10 czerwca 2012 roku dokonał biskup Wiesław Alojzy Mering. Była to pierwsza świątynia w Diecezji Włocławskiej, której patronem jest św. Jan Paweł II. Kościół zaprojektował mgr inż. arch. Jerzy Kociołowicz, a wystrój i wnętrze: mgr Dorota Żarska – artysta plastyk oraz Tomasz M. Wiśniewski – artysta grafik. Natomiast Matka Boża Fatimska jest patronem parafii - od momentu jej powstania czyli od 27 kwietnia 1996 roku. Dekret erygowania wydał biskup włocławski Bronisław Dembowski.