Początki gminy ewangelickiej w Międzychodzie sięgają połowy XVI wieku. Wówczas to za sprawą Jakuba Ostroroga, ówczesnego właściciela miasta i propagatora reformacji, ewangelicy otrzymali kościół katolicki św. Jana Chrzciciela. W 1597 r. Międzychód i okoliczne dobra stały się własnością Krzysztofa Unruha. Z jego fundacji wzniesiono nowy zbór w pobliżu zamku na Lipowcu. Wraz z nim powstały szkoła i pastorówka. Zarówno kościół, jak i towarzyszące mu obiekty podlegały w następnych wiekach przemianom. Lipowiec stał się w XVII wieku centrum międzychodzkiej gminy ewangelickiej. Jej kres nastąpił w 1945 r.

Do XIX wieku wokół kościoła na Lipowcu istniał cmentarz, na którym spoczywały pokolenia międzychodzkich ewangelików. Ze względów sanitarnych przeniesiono nekropolię w inne miejsce. Dziś poza kilkoma tablicami nagrobnymi na murze przy kościele nie zachowały się dawne nagrobki. Pamięć spoczywających w międzychodzkiej ziemi ewangelików przywołuje okolicznościowa tablica na starym przykościelnym cmentarzu na Lipowcu.