W 1855 r. Olsztyn nawiedziła epidemia cholery, niemalże natychmiast po jej wygaśnięciu rozpoczęto rozmowy na temat wybudowania nowoczesnego szpitala. Wkrótce po tym fakcie zawiązano komitet do spraw budowy, w marcu 1858 r. ustanowiono statut szpitala jako fundacji kościelnej przy parafii św. Jakuba.

Pod jego zabudowę zakupiono 10-morgową działkę w pobliżu mostu zwanego ówcześnie Słodowianym znajdującego się przy dzisiejszej ulicy Niepodległości, autorem projektu został architekt diecezjalny z Kolonii Vinzenz Statz. Kamień węgielny poświęcono 4 października 1864 r., a już trzy lata później do szpitala wprowadziły się siostry Szarytki które sprawowały opiekę nad chorymi. Ich miejsce w 1922 r. zajęły siostry Katarzynki z Braniewa.

W tym samym okresie co szpital który oficjalnie zwano Mariackim wybudowana została kaplica, jedyna w swoim rodzaju taka perełka architektoniczna w Olsztynie. Kaplica poświęcona została Najświętszej Maryi Pannie Niepokalanie Poczętej, aby dostać się do niej trzeba wejść do szpitala i pokonaniu plątani korytarzy zejść kilkanaście schodów w dół.

Ta nietypowa budowla składa się z trzech kondygnacji, najniższa to część kapłańska z ołtarzem a nad nią znajdują się dwie galerie dla chorych bezpośrednio skomunikowane z parterem i piętrem szpitala. Kaplicę bardzo ciekawie charakteryzują wysokie i ostrołukowe witrażowe okna, ona sama jest wysunięta na zewnątrz całości obiektu co upiększa i zarazem urozmaica szpitalną bryłę. Nad wszystkim dominuje wieżyczka z sygnaturką, kiedyś wzywającą okolicznych mieszkańców na nabożeństwa.

Przez lata szpital rozbudowywał się i zmieniał też swój wygląd i styl, dzisiaj jest to Szpital Miejski Zespolony imienia Mikołaja Kopernika. Kaplica pozostała ta sama i nadal jest integralną częścią tej placówki, regularnie sprawowane są msze dla chorych oraz ich rodzin. Tak jak dawniej pieczę nad nią sprawują duchowni z Parafii Współkatedralnej Świętego Jakuba.

W 1971 r. kaplicę wpisano do rejestru zabytków.