Kościół wzniesiono w 1402 r. z fundacji podstolego krakowskiego Piotra Szafrańca herbu "Stary Koń". Bryła kościoła jest w stylu gotyckim z barokowym szczytem fasady. Wewnątrz znajduje się ołtarz wczesnobarokowy z obrazem MB Częstochowskiej z XVII w.

W XIV wieku Secymin musiał być prężną osadą skoro istniejący tu kościół był siedzibą parafii a w roku 1401 król Władysław Jagiełło nadał miejscowości prawa miejskie. Z nadania króla miasto stanowiło dziedziczną własność Piotra Szafrańca - pana na zamku w Pieskowej Skale - herbu Starykoń, (za zasługi dla Królestwa pochowany został w krypcie kaplicy Doktorów pod wieżą Srebrnych dzwonów na Wawelu).

Z budowli gotyckiej kościoła św.Katarzyny i św. Jana Ewangelisty fundacji Piotra Szafrańca zachowało się oszkarpowane trójboczne prezbiterium z dolną częścią zakrystii. W XVI wieku Stanisław Szafraniec przekazał kościół na zbór kalwiński. W tym czasie świątynia została rozbudowana. Powstała wówczas późnogotycka nawa oraz mieszkanie luterańskiego ministra nad zakrystią.

W połowie XVII wieku świątynię przywrócono katolikom. Kolejnej przebudowy dokonano w XVIII wieku. Wówczas fasada uzyskała barokowy szczyt i na dachu wybudowano wieżyczkę z latarnią na sygnaturkę i barokowym hełmem. W XX wieku kościół otrzymał witraże.