Od połowy XVII w. Nawra należała do Kruszyńskich, herbu Prawdzic, wywodzących się z Kruszyn pod Brodnicą. Najwybitniejszym przedstawicielem tej rodziny był Konstanty (1751-1819), któremu Jan Ursyn Niemcewicz wystawił takie świadectwo: "Zanocowałem w Nawrze u Kruszyńskiego, znakomitego obywatela tutejszego powiatu, dozorcy szkoły toruńskiej. Jest on wzorem obywatelstwa i dobrego urządzenia się. Dom piękny i obszerny, biblioteka dobrze wybrana, pełne stodoły zboża, obory trzody, co tym dziwniejsze, że w wojnie 1807 roku i dzisiejszych (tj. w 1812 r.) przechodach wojsk Kruszyński do 80 tys. talarów ma straty". Oczkiem w głowie Konstantego była wspomniana przez Niemcewicza biblioteka, w której dziedzic Nawry gromadził głównie dzieła historyczne i rozmaite archiwalia dotyczące zarówno dziejów własnej rodziny, jak i całej Ziemi Chełmińskiej. 

Godnym spadkobiercą tej tradycji okazał się mąż jego prawnuczki Bogusławy, Michał Sczaniecki, szlachcic spod Rawicza, który przejął majątek Kruszyńskich w 1865 r. Z biblioteki i gościnności Sczanieckiego w Nawrze korzystali historycy zajmujący się dziejami Pomorza, tacy jak Wojciech Kętrzyński, Stanisław Kujot i Alfons Mańkowski, a także etnograf Oskar Kolberg. Michał Sczaniecki był również jednym z najbardziej aktywnych społecznie ziemian pomorskich, współtwórcą i członkiem wielu organizacji gospodarczych i charytatywnych, posłem do parlamentu niemieckiego, a przede wszystkim współzałożycielem i wieloletnim skarbnikiem Towarzystwa Naukowego w Toruniu, które znacząco przyczyniło się do rozwoju polskich badań naukowych nad historią Pomorza i Prus.

W 1940 r. majątek Sczanieckich został skonfiskowany przez Niemców, a słynna biblioteka wywieziona do archiwum w Bydgoszczy, przy czym naoczni świadkowie widzieli, jak niektóre książki wyrzucano przez okna wprost na dziedziniec. Po wojnie ocalałe tomy księgozbioru przekazano do biblioteki nowo utworzonego Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, natomiast cenne rękopisy znajdują się obecnie w tamtejszym archiwum. 

Mniej szczęścia miał pałac w Nawrze, wzniesiony na przełomie XVIII i XIX w. dla Konstantego Kruszyńskiego i rozbudowany przez Michała Sczanieckiego. Po wojnie pełnił przez pewien czas funkcję domu wczasowego UMK, potem siedziby PGR, a obecnie powoli staje się ruiną. We wsi zachował się również budynek klasycystycznej karczmy z końca XVIII w. i kościół parafialny, pierwotnie gotycki, przebudowany w XVII i XVIII w., z cudownym obrazem Matki Bożej, który według przekazów został przywieziony przez Bernarda Kruszyńskiego w 1619 r. z niewoli moskiewskiej.