Już w XV wieku pojawiły się pierwsze wystąpienia przeciwko nadużyciom w kościele katolickim. Proces ten zapoczątkowali czescy husyci, a spotęgowała działalność Martina Lutra na początku XVI wieku. Luteranizm zapoczątkował całą falę reformacji, powodując oderwanie od kościoła katolickiego coraz szerszych grup wiernych. Na terenie całej Europy zaczęły powstawać gminy ewangelickie kierujące się założeniami niemieckiego pastora. Reformacja objęła także swoim zasięgiem region Dolnego Śląska.

Jedna z gmin ewangelickich powstała w XVI wieku w Nowym Miasteczku. Wielu tutejszych katolików poddało się reformacji i pozostawali wierni nowej religii przez stulecie. Sytuacja zmieniła się w 1649 r., gdy miasto stało się własnością jezuitów z Otynia. Zakonnicy prowadząc swoją posługę spowodowali rekatolicyzację mieszkańców. Pozostała mniejszość ewangelicka związała się ze zborem w Głogowie.

W latach 1740-1741 Prusy zajęły Śląsk włączając region w swoje granice. Wolność wyznania preferowana przez władze pruskie przyczyniła się do rozwoju gminy ewangelickiej w Nowym Miasteczku. W 1743 r. po uzyskaniu stosownego zezwolenia, protestanci wznieśli tutaj zbór ukończony w 1744 r. Jednak szachulcowa budowla okazała się nietrwała i po czterdziestu latach zdecydowano się ją rozebrać.

Nową świątynię wznoszono w latach 1784-1785 nadając jej klasycystyczną formę. W 1888 r. do kościoła dobudowano wysoką wieżę zwieńczoną hełmem. Historia gminy ewangelickiej w Nowym Miasteczku skończyła się w 1945 r. Po wyjeździe niemieckich mieszkańców miasta kościół ograbiony z wyposażenia pozostawał nieużytkowany. Po kilku latach zamieniono go na magazyn mebli.

Zaniedbywana budowla z biegiem lat ulegała stopniowej degradacji. W 1978 r. po staraniach proboszcza parafii św. Marii Magdaleny dawny zbór stał się jej własnością. Poddany wieloletniej renowacji stanowi dziś kościół pomocniczy pw. Opatrzności Bożej.