Gotycki kościół z elementami renesansowymi wzniesiono w latach 1582 - 1602. W miejscu istniejącego wcześniej drewnianego kościoła szpitalnego pw. św. Ducha Początkowo budowa świątyni była finansowana przez bydgoskich mieszczan. W 1619r. biskup Paweł Wałucki przeniósł konwent sióstr Klarysek do budynku sąsiadującego z kościołem (obecnie muzeum). Panny Klaryski zarządzały świątynią do 1835r., aż do ponownego przejęcia przez władze miejskie. Pod panowaniem pruskim klaryski, czyli najdłużej działający zakon w Bydgoszczy, przeniesiono do Gniezna. Kościół przez kilkadziesiąt lat kolejno służył jako magazyn, zakład oczyszczania miasta i remiza straży pożarnej. Po 1918r. roku podjęto kompleksowe prace konserwatorskie pod kierunkiem Stefana Sybichowskiego. Z tego okresu pochodzi neorenesansowy kamienny portal. Ponowna konsekracja kościoła miała miejsce w 1923r. Obecnie zabytek pełni funkcję kościoła akademickiego. (theguru)