Wodzisław w XVI w.należący do Lanckorońskich był jednym z prężniejszych ośrodków kalwinizmu w Małopolsce. Zbór zniósł w 1613 r. Samuel Lanckoroński, który nawrócił się na katolicyzm i przy tym ufundował do dzisiaj istniejący kościół pw. św. Marcina. Warunkiem pozostania kalwinistów w miasteczku było przejście na katolicyzm.

W tym okresie tereny te, zaczęła zasiedlać społeczność żydowska. Dokładna data budowy synagogi w Wodzisławiu nie jest znana. Są dwie różne hipotezy co do czasu jej powstania. Czy została wybudowana w XVI w.,a może dopiero w I połowie XVII w. nie wiadomo... Do tej pory sugerowano, że pierwotna synagoga znajdowała się w budynku, który niegdyś pełnił funkcję XVI wiecznego koscioła kalwińskiego i potem oddany został w użytkowanie Żydom, natomiast ostatnie badania wykazały, że obiekt ten od początku pełnił funkcję synagogi. Miasteczko w 1869 r. utraciło prawa miejskie . W drugiej połowie XIX w. w osadzie liczącej ok. 4000 mieszkańców, było 3000 Żydów.

II wojna światowa przyniosła zagładę ludności żydowskiej Wodzisławia. Zdewastowana w czasie okupacji przez hitlerowców synagoga została przekształcona na magazyn. Po zakończeniu wojny budynek został przebudowany z przeznaczeniem na spichlerz. W latach 80. XX w. próbowano odremontować budynek, niestety nie powiodło się. Od 1987 r. kiedy to zawalił się dach pozostaje ona w stanie ruiny ze śladami bimy oraz murów obwodowych bez sklepienia i jakichkolwiek detali. Na południowo-wschodnim obrzeżu Wodzisławia znajdują się pozostałości kirkutu prawdopodobnie z przełomu XVII i XVIII w. z kamiennym obeliskiem upamiętniającym prawie cztery tysiące zamordowanych Żydów.