Jako datę powstania pierwszego zboru baptystów na ziemiach polskich podaje się 28 listopada 1858 roku, jednak biorąc pod uwagę współczesne granice państwa można przyjąć , że baptyzm powstał wiele lat wcześniej. W I poł. XIX w. pierwsze zbory istniały już na terenie ówczesnych Prus Wschodnich, w tym też okresie powstał zbór w Szczytnie.

Kościół baptystów został zbudowany w roku 1903 i znajduje się przy ul. Sienkiewicza. Jest to budowla neogotycka, na planie kwadratu, murowana z czerwonej cegły. W tylnej części znajduje się aneks mieszkalny bezpośrednio połączony z budynkiem. W roku 1926 dokonano przebudowy, architektonicznej zmianie uległa głównie część wschodnia i kruchta wejściowa. Wewnątrz kościoła na szczególną uwagę zasługuje piękne baptysterium, również pochodzi z 1903 r. i wpisane zostało do rejestru zabytków.

Nabożeństwa odbywają się głównie w środy i niedziele, organizowane też są tutaj kursy języków obcych prowadzone przez Klub Poliglotów. Kościół Chrześcijan Baptystów skupia w Polsce ok. 6500 wiernych i jest członkiem Polskiej Rady Ekumenicznej