Przekazy dziejopisarskie nierozerwalnie związały kościół Na Skałce (ul. Skałeczna 15) z męczeńską śmiercią św. Stanisława. Jak mówią podania, właśnie w tym miejscu w 1079 r. biskup krakowski został zabity przez króla Bolesława Śmiałego podczas odprawiania mszy (z nie do końca ustalonych powodów). Od tego czasu kościół św. Michała Archanioła i św. Stanisława Biskupa Męczennika stał się miejscem licznych pielgrzymek. Prowadzi tu szlak pielgrzymi królów polskich, którym każdego roku w maju podąża procesja z udziałem całego episkopatu Polski. W 1472 r. kronikarz Jan Długosz sprowadził na Skałkę zakon paulinów. Obecna świątynia, pochodząca z pierwszej połowy XVIII w., jest uważana za jeden z ciekawszych kościołów barokowych w Krakowie. Wewnątrz zwraca uwagę boczny ołtarz, przy którym znajduje się pień podobno obryzgany krwią biskupa Stanisława.

W podziemiach kościoła powstała Krypta Zasłużonych. Jej pomysłodawcą był jeden z profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego, Józef Łepkowski. Otwarto ją w 400. rocznicę śmierci Jana Długosza, przypadającą w 1880 r. Podczas uroczystego pochodu ponownie złożono tu prochy zmarłego kronikarza. Odtąd w krypcie miano chować najwybitniejszych przedstawicieli polskiej kultury. W sierpniu 2004 r. w skromnym sarkofagu został pochowany laureat literackiej Nagrody Nobla - Czesław Miłosz. Niestety, uroczystości pogrzebowe poprzedziła niechlubna dyskusja. Skrajnie prawicowe kręgi zarzucały Miłoszowi areligijność i antypolskość. Poddano w wątpliwość, czy artysta będący z pochodzenia Litwinem zasługuje na miejsce w Krypcie Zasłużonych. Przeciwko zarzutom radykałów wystąpił sam Jan Paweł II, który przysłał telegram do kardynała Franciszka Macharskiego. Pogrzeb Miłosza przerodził się w wielką manifestację poparcia dla poety i prawdziwy hołd dla jego twórczości.