Ołtarz Trzech Tysiącleci na Skałce powstał w 2007 roku. Pomysłodawcami projektu byli Ojcowie Paulini oraz Piotr i Lucyna Skalscy – główni sponsorzy. Ołtarz symbolizuje Kościół, który gromadzi się wokół Eucharystii. Tylną ścianę ołtarza wyznacza siedem filarów, które nawiązują do kolumnady na placu św. Piotra w Watykanie. Na filarach umieszczono posągi św. Stanisława, św. Wojciecha, św. Jana Pawła II, św. Jadwigi, św. Faustyny, św. Jana Kantego oraz ojca Augustyna Kordeckiego. Naprzeciw stołu ofiarnego stoi siedmiometrowy monolit, będący symbolem sakramentów. Są na nim płaskorzeźby przedstawiające sceny chrztu, bierzmowania i Eucharystii.