Pierwsze historyczne wzmianki o dzisiejszej wsi Lipnica Wielka w powiecie nowosądeckim pochodzą aż z roku 1336. Oficjalna nazwa wsi się zmieniała. Na początku była to Nowa Lipnica, później Lipnica Niemiecka. Do rodziny Długoszowskich wieś należała już w roku 1887. Następnie przez pewien okres właścicielem był żydowski browarnik i hodowca bydła, Wejd. Do Długoszowskich wieś wróciła w roku 1900.

Budowę dworu rozpoczął w 1912 roku Antoni Długoszowski, a dokończył jego syn Jan Kanty Długoszowski. Po II wojnie światowej majątek Długoszowskich został przejęty przez państwo i rozparcelowany. W dworze siedzibę miał PGR, a następnie Spółka Rolnicza. W tym okresie budynek został zdewastowany, podobnie jak wiele innych dworów przejętych przez PGR-y. W 1967 roku budynek został wyremontowany i zaadaptowany na ośrodek zdrowia. W 2002 roku wykonano ponowną adaptację i remont wnętrz, jednak elewacje i otoczenie pozostało zdewastowane. Obecnie w pełni odrestaurowanym przy wsparciu unijnych funduszy budynku działa gminny ośrodek kultury pod nazwą "Muzyczny Dwór". Mają tu swoje siedziby ludowe zespoły “Lipniczanie” i “Mali Lipniczanie”.

Dwór został wpisany do rejestru zabytków w 2008 roku. Pierwotne wnętrze dawnego dworu zostało bezpowrotnie utracone. Ochronie konserwatorskiej podlega jedynie bryła i elewacje budynku oraz otoczenie w postaci pozostałości parku przydworskiego.