Dawna wieś Ciechocinek już w XVI w. przynależna była parafii pw. św. Piotra i Pawła w Słońsku nad Wisłą (dziś będącego dzielnicą uzdrowiska). W pewnym sensie więc pierwszym ciechocińskim kościołem można uznać nieistniejącą świątynię na Słońsku , którą, od wielu lat zrujnowaną, rozebrano w 1824 r. Po jej likwidacji, opiekę duchową nad mieszkańcami i kuracjuszami przejęła parafia w Raciążku .
Z uwagi na coraz większą popularność kurortu, w 1851 r. na kaplicę przeznaczono jedno z pomieszczeń wybudowanej w 1847 r. galerii spacerowej (dziś budynek Pijalni Wód ). Nabożeństwa miały być w niej odprawiane tylko w sierpniowe i wrześniowe niedziele, ale już w następnym roku, w związku z epidemią cholery, „ku pokrzepieniu serc” oraz dla przekazania wskazówek, jak postępować w przypadku zarażenia, uzyskano zgodę na codzienne msze.
Z czasem kaplica stała się za mała, w dodatku budynek został poważnie uszkodzony przez dwa kolejne wylewy Wisły (1868 i 1871), w związku z czym rozpoczęto starania o budowę nowej świątyni. Grunt podarował Zarząd Wód Mineralnych w Ciechocinku. Pech chciał, że w trakcie zbierania funduszy (trwało to 20 lat), kaplica spłonęła razem z galerią spacerową. Naprędce postawiono więc nową, prowizoryczną świątynię, która przetrwała do 1882 r.
Budowę murowanego kościoła wg projektu Edwarda Cichockiego ukończono w 1884 r., wtedy też ks. prałat Stopierzyński dokonał jego benedykcji (benedykcja=błogosławieństwo). Uroczysta konsekracja miała miejsce dopiero w 1904 r., po zakończeniu wyposażania świątyni, a w 1918 r. erygowano przy niej parafię pw. Świętych Apostołów Piotra i Pawła.
Rozwój miasta i uzdrowiska po II wojnie spowodował konieczność dalszej rozbudowy. Prace trwały 5 lat (1984-89), kościół zyskał ponad 700 m kwadratowych powierzchni, a autor zrealizowanego projektu - Jan Tajchman – otrzymał ministerialną nagrodę za wybitne osiągnięcia twórcze oraz nagrodę roku 1989 od Stowarzyszenia Architektów Polskich.
Oryginalne wyposażenie zostało w znacznej części uszkodzone podczas wojny. Dziś jednymi z najstarszych elementów świątyni są witraże z lat 1903-05 i organy. Ciekawa polichromia została wykonana przez Łucję i Józefa Oźminów w latach 60. XX w. Wiele w niej nawiązań do 1000-lecia chrztu Polski. Zwraca także uwagę niezwykła, żeliwna ambona i kryształowe sklepienie.