Kościół klasztorny na Karczówce powstał z inicjatywy biskupa krakowskiego Marcina Szyszkowskiego. Świątynia pw. św. Karola Boromeusza została postawiona jako wotum dziękczynne za oszczędzenie mieszkańców od panującej zarazy w 1622 r. Budowę rozpoczęto w 1624 r., a jej zakończenie nastąpiło już w 1628 r. o czym informuje wmurowana tablica o treści " Haec Ecclesia 1628 Erecta". W latach 1720 – 1730 kościół został przebudowany przez architekta Kacpra Bażanka. W roku 1907 do południowej elewacji kościoła dobudowano kaplicę św. Antoniego.

Do kościoła prowadzą barokowe schody wykonane z czerwonego i szarego piaskowca. Do kruchty wchodzi się przez kamienny barokowy portal z herbem biskupa Marcina Szyszkowskiego – Ostoja, a nad herbem umieszczone są litery A.M.D.G. (Ad Mariorem Dei Gloriam - Ku Wielkiej Chwale Bożej). Wyposażenie kościoła to przede wszystkim: wczesnobarokowy ołtarz główny z obrazami św. Kazimierza i św. Franciszka Boromeusza - patrona kościoła, późnobarokowe ołtarze boczne św. Franciszka z Asyżu i Wniebowzięcia NMP, rokokowa ambona z XVIII wieku oraz drewniany chór wsparty na dwóch kolumnach.

Niezwykle cennym zabytkiem jest rzeźba św. Barbary znajdująca się w ołtarzu kaplicy. Wykonana została w 1646 r. z jednej bryły rudy ołowiu, wydobytej przez gwarka Hilarego Mala. Rzeźbę wykonał Sebastian Sala wzorując się na antycznej rzeźbie Flory Farnese, obecnie znajdującej się w muzeum w Neapolu.