Będąc na Świętej Górze warto zwiedzić podziemia bazyliki. Wnętrze podziemi przedstawia geometryczne ukształtowanie kościoła w rzucie poziomym, a mianowicie regularny ośmiobok. Posuwając się w głąb, w bocznych kryptach dostrzec możemy wiele starych trumień z wieków XVII, XVIII i XIX. Część z nich jest prosta, pozbawiona elementów dekoracyjnych. Spoczywają w nich kapłani i bracia tutejszego Zgromadzenia Oratorium św. Filipa Neri. Inne, wyróżniające się stylowym kształtem i bogatymi ozdobami są trumnami fundatorów tutejszego kościoła i klasztoru. Warto zwrócić uwagę na otwartą trumnę kapłana zmarłego w 1773 roku.