Trudno dziś ustalić jak wyglądał pierwszy ownicki kościół, ale już w latach 1405-1461 należał on do luterańskiej parafii w Lemierzycach. Najwcześniejsze księgi parafialne sięgają roku 1646. Zgodnie z opisem z roku 1665 był budowlą prostokątną z przedsionkiem, przyporami drewnianą, ażurową wieżą. Wieża szachulcowa dobudowana została niemal 100 lat później. Poza opisem nie zachowała się żadna rycina przedstawiająca ówczesną świątynię.

Obecny budynek kościoła wybudowano w stylu neogotyckim w 1867 r., od razu jako świątynię filialną (Tochterkirche) gminy ewangelickiej w Lemierzycach. Pewnie dlatego w ogóle nie uwzględniono w jego bryle zakrystii. W 1945 r. został przejęty przez polską administrację kościelną i dostosowany do potrzeb religii rzymskokatolickiej. W 1951 r. przyłączony do parafii powstałej w Lemierzycach  (nadal jest kościołem filialnym). Nosi wezwanie Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny.

W 2007 r. został wpisany do rejestru zabytków. Za zgodą konserwatora zabytków, przy wsparciu finansowym powiatu, gminy i prywatnych osób, w ostatnich latach kościół przeszedł gruntowny remont - wymieniono pokrycie dachowe nad prezbiterium, przeprowadzono remont kapitalny dachu nad nawą główną, wykonano renowację stolarki drzwiowej, ceglanej posadzki prezbiterium, cokołu dookoła wnętrza; wstawiono nowe okna, pomalowano wnętrze, wymieniono instalację elektryczną, na wieży umocowano nowy zegar.