Różnie kształtowały się relacje katolików i protestantów w Sąpolnie. Ci drudzy na ok. 30 lat (na przełomie XVI i XVII w.) siłą przejęli nawet kościół tych pierwszych. W 1847 r. luterańscy właściciele okolicznych majątków doprowadzili do powstania nowej parafii i ufundowali salę modlitwy. Ta szybko okazała się zbyt mała; rozebrano ją więc i w latach 1858-1859 na jej miejscu zbudowano kościół, otaczający go teren przeznaczając na cmentarz.

Parafia funkcjonowała do 1945 r., potem opuszczony budynek wykorzystywany był jako magazyn zboża i nawozów. Ostatecznie rozebrano go w 1977 r., pozostałości wyposażenia (przede wszystkim organy) przekazując katolickiej parafii w Konarzynach. Nagrobki usunięto. Do dziś zachował się układ przestrzenny, zarys fundamentów i slupy bramy.