Pierwsze kościoły białostockie (1547 i 1581) były budowlami drewnianymi i w 1617 r zostały zastąpione świątynią murowaną fundacji Wiesiołowskich. Przetrwała ona jako tzw. "stary kościół farny". Rozwój miasta sprawił, że w XIX w. konieczna była budowa nowego kościoła. Wiele lat nie można było uzyskać zgody władz carskich, aż w roku 1896 pozwoliły one na rozbudowę istniejącej świątyni. "Rozbudowa" ta przyjęła formę budowy od fundamentów nowej, ceglanej, utrzymanej w stylu neogotyku wiślano-bałtyckiego. Jest ona kopią kościoła św. Floriana na Pradze (obecnie katedry warszawsko-praskiej). Główne prace ukończono w roku 1905, zaś budowę i wyposażenie sfinalizowano całkowicie w 1931. II wojna światowa nie wyrządziła kościołowi wielkich szkód. W latach 1945-1991 kościół pełnił funkcje prokatedry dla diecezji wileńskiej, dziś jest katedrą archidiecezji białostockiej.