Jeszcze w początkach XIX wieku gmina ewangelicka w Środzie Wielkopolskiej nie była liczna. Protestanccy mieszkańcy miasta grzebali swoich zmarłych w wydzielonej kwaterze na cmentarzu katolickim w Bninie, który był wówczas siedzibą gminy i parafii ewangelickiej. Około połowy XIX wieku, gdy liczba ewangelików w Środzie przekroczyła 150 osób wydzielono tutaj oddzielną gminę. Pochówki zmarłych odbywały się od tego czasu w wydzielonej kwaterze na cmentarzu katolickim.

W ostatnim ćwierćwieczu XIX stulecia kwatera ta wypełniła się, a parafia katolicka nie wyraziła zgody na jej powiększenie. Protestanci nabyli grunt przy drodze do Nakła i tam założyli nową nekropolię. W 1910 r. wzniesiono na jej terenie neoromańską kaplicę cmentarną. Po drugiej wojnie światowej cmentarz zarastał i niszczał z roku na rok. Dziś jego teren uporządkowano, nie ma tutaj jednak nagrobków, ale zachowały się ładnie odnowiona kaplica oraz drzewostan.