Parafia w Mielniku nad Bugiem należy do dekanatu siemiatyckiego w Diecezji Drohiczyńskiej. Jej początki nie są znane ale wiadomo, że już w 1260 roku istniała tu murowana cerkiew a o probostwie w Mielniku źródła pisane wzmiankują w roku 1420. Budowa obecnego kościoła ciągnęła się dość długo, bowiem rozpoczęto ją w roku 1913 a parafianom zaczął służyć dopiero po pierwszej wojnie światowej, choć jeszcze w roku 1920 nie był ukończony i ucierpiał podczas przemarszu wojsk bolszewickich na Warszawę. Podczas drugiej wojny światowej wnętrza jego zniszczono i pełnił wówczas rolę stołówki dla rosyjskich pograniczników. Obecny stan kościół zawdzięcza gruntownym remontom z lat 1971-72, 1982-85 oraz 1998-2000.