Początki sanktuarium maryjnego są podobne do historii innych tego typu miejsc na Warmii. Jeszcze w średniowieczu znaleziono tu figurkę Matki Boskiej, która zasłynęła cudami i na jej cześć wzniesiono kaplicę, ale w czasach reformacji kaplica została sprofanowana, a figurka zaginęła. Kościół wzniesiony w latach 1639-1641 ufundował biskup warmiński Mikołaj Szyszkowski w podzięce za uwolnienie Warmii od długotrwałej okupacji szwedzkiej. Była to pierwsza w regionie barokowa świątynia w kształcie rotundy. Opiekę nad kościołem powierzono bernardynom, na potrzeby których zbudowano w 1666 r. klasztor. Na początku XVIII w. kościół rozbudowano, dodając wieżę, prezbiterium i krużgankowe obejście z narożnymi kaplicami; pierwotna rotunda jest obecnie nawą. W ołtarzu głównym, pochodzącym z 1713 r., umieszczono obraz Matki Boskiej Stoczkowskiej. Jest to kopia słynnego obrazu z kościoła Santa Maria Maggiore w Rzymie. We wnętrzu na uwagę zasługują też dwa boczne barokowe ołtarze z drugiej połowy XVII w. oraz wspaniała ambona z kutego żelaza i organy z XVIII w. Przed rozbiorami Stoczek był najpopularniejszym, po Świętej Lipce, miejscem pielgrzymkowym na Warmii. Jednakże nie zawsze kościelne mury rozbrzmiewały modlitwami pielgrzymów. Podczas II wojny światowej Niemcy internowali tu biskupów austriackich, a w latach 1953-1954 przetrzymywano w Stoczku prymasa Polski kardynała Stefana Wyszyńskiego. Od 1957 r. sanktuarium opiekują się księża marianie.