Nie znana jest dokładna data powstania tej miejscowości, przyjmuje się jednak że mógł to być to wiek XIV. Za tym faktem przemawia wzmianka o biskupie Henryku lll Sorbonie, dotycząca nadaniu temu miejscu w 1379 roku pewnych przywilejów. Do roku 1945 wieś była znana pod nazwą Napratten, pod takim mianem możemy ją również odnaleźć na Mapie Świętej Warmii wykonanej w 1755 r. przez matematyka i geografa Jana Fryderyka Enderscha.

Współcześnie Napraty położone są na terenie gminy Kiwity i przynależą także go parafii pod wezwaniem Świętej Barbary w Rogożu, która powstała prawdopodobnie w tym samym okresie co lokowanie tej wsi. Na potrzeby religijne na początku XX wieku wybudowano tu neogotycką kaplicę filialną, poświęcono ją Niepokalanemu Poczęciu Najświętszej Maryi Panny.

To niewielki obiekt powstały na planie prostokąta, murowany i przykryty dwuspadowym dachem. Na ścianach bocznych umieszczono po dwa ostrołukowe okna, nad głównym wejściem natomiast znajduje się drewniana wieżyczka z sygnaturką. Kaplica jest wciąż używana przez wiernych co ułatwia utrzymanie jej w dobrym stanie zachowania, w roku 2003 została wpisana do rejestru zabytków.

Warto wspomnieć też o innym obiekcie sakralnym, umiejscowionym na prywatnym terenie. To tradycyjna warmińska kapliczka, ciekawa bo różniąca się nieco kształtem od wielu podobnych z terenu Warmii Południowej. Nie wciągnięto obiektu pod ochronę konserwatora zabytków, jednak jest w bardzo dobrej kondycji co udaje się dzięki jej właścicielowi.