Nietoperek jest starą wsią należącą niegdyś do starostwa międzyrzeckiego. Kościół mógł tu być już w XIV, a nawet w XIII w., jednak dla potwierdzenia tego faktu brak danych źródłowych. Wiadomo jedynie, że krótko przed 1607 r. został odzyskany z rąk innowierców i przyłączony jako świątynia filialna do parafii św. Mikołaja w pobliskim Międzyrzeczu. Franciszek Libowicz, poznański kanonik wizytujący na początku XVIII w. okoliczne parafie, opisywał: „kościół stary, dobry, drewniany, nakryty dachówką” z ogrodzonym cmentarzem wokół. Niestety, z powodu zniszczeń oraz braku funduszy na odbudowę został rozebrany ok. 1773 r. Dokonano tego za zgodą biskupa. Cmentarz pozostał. Na górce pośrodku wsi „ulegał profanacji. Bo ziemia się obsuwa, a bydło z sąsiedniego pastwiska rozdeptuje groby, kości ludzkie leżą na wierzchu…”

Chociaż teren pokościelny wraz z cmentarzem należał do parafii międzyrzeckiej, nowej świątyni nie budowano. Katolików zostało tu zaledwie kilku i – podobnie jak ewangelicy – na msze chodzili do niedalekiej Kęszycy. Ogrodzenie cmentarza zniknęło, zmarłych katolików chowano już w Międzyrzeczu, a sam teren przechodził różne koleje losu.

Spacerujący po Nietoperku „nietutejsi” najprawdopodobniej nie zwrócą nawet uwagi na położoną na niedużym wzgórku łąkę. Tylko wprawne oko dojrzy majaczące tam pozostałości kilku zaledwie nagrobków, najprawdopodobniej ewangelickich. Na niektórych udaje się odczytać daty z przełomu XIX i XX w. Dogląda ich społecznie mieszkający po drugiej stronie drogi były sołtys Nietoperka. Zauważywszy turystów, zawsze chętnie opowie o ciekawostkach tego terenu. Sam pochodzi z Kresów, ale nie przeszkodziło mu to ukochać nowego miejsca zamieszkania i opisać je szeroko w poświęconej historii Nietoperka monografii (za którą został w 2005 r. wyróżniony nominacją do nagrody Lubuskiego Wawrzynu).

Co z kościołem? W latach 50. otwarto w jednym z prywatnych domów kaplicę. Poświęcono ją w 1952 r. i krótko potem została zamknięta przez władze świeckie. Ponownie przywrócono ją kultowi religijnemu w 1956 r. W latach 80. wybudowano w Nietoperku nowy kościół. Nosi wezwanie Podwyższenia Krzyża Św. i jest filią parafii w Kaławie, a barokowy ołtarz ze starej, nieistniejącej świątyni ozdabia kościół parafialny.