Murowana synagoga zbudowana została w pierwszej połowie XVIII w., na miejscu starszej, drewnianej bożnicy. Przebudowano ją po pożarze na przełomie XIX i XX w. W czasie okupacji hitlerowskiej budynek zdewastowano i obrabowano. Przez pewien czas służył jako magazyn zrabowanego mienia pożydowskiego. Po kapitalnym remoncie i adaptacji wnętrz zabytek przekazano nowosądeckiemu muzeum, na cele wystawowe oraz udostępniono dla zwiedzających.