W końcowych latach XX w. intensywnie rozbudowywały się warszawskie osiedla. Sytuacja taka dotyczyła również Saskiej Kępy. Rosnąca liczba mieszkańców, a co za tym idzie, wiernych, była powodem powołania w 2002 r. nowej parafii Miłosierdzia Bożego z siedzibą przy ulicy Ateńskiej.

W 1991 r. na terenie Osiedla Ateńska wzniesiono kaplicę św. Faustyny, która służyła wiernym w czasie budowy kościoła Miłosierdzia Bożego. Świątynię, zaprojektowaną przez architekta Macieja Krasińskiego, ukończono w 2002 r. Kościół poświęcono 7 kwietnia 2002 r.

Kościół Miłosierdzia Bożego o nowoczesnej architekturze wyróżnia się imponującym krzyżem w fasadzie frontowej. Wnętrze kościoła jest surowe, a jego ozdobą poza ołtarzem są witraże w oknach.