Kościół pod wezwaniem Św. Michała Archanioła w Zamościu wybudowano w 1911 r. jako prawosławną cerkiew garnizonową pw. Przemienienia Pańskiego. W roku 1919 świątynia została przekazana Kościołowi Rzymskokatolickiemu i w latach 1920-21 przebudowana dla potrzeb duszpasterstwa wojskowego. Dodać tu należy, że w sąsiedztwie świątyni istniały i częściowo jeszcze istnieją duże koszary wojskowe.

 Kościół św. Michała Archanioła pełnił funkcję kościoła garnizonowego do czasu wybuchu II wojny światowej. W czasie okupacji urządzono w nim magazyn materiałów sanitarnych. Na początku lat pięćdziesiątych XX wieku kościół został częściowo zniszczony przez pożar. Po tym wydarzeniu świątynię przekazano księżom kolegiackim i okolicznym mieszkańcom.

W dniu 20 lipca 1957 roku Główny Kwatermistrz Ludowego Wojska Polskiego przekazał świątynię w wieczyste użytkowanie Diecezji Lubelskiej. W latach 1985-1992 kościół gruntownie przebudowano do formy obecnej.