W 1772 r. gdy zaborca pruski przejął administrację w Barczewie, wówczas Wartemborku, z głębi Niemiec zaczęły napływać do miasta nowe rzesze mieszkańców, głównie wyznania ewangelicko – augsburskiego. Pierwszym miejscem spotkań tej społeczności było małe pomieszczenie w ocalałym z pożaru w 1798 r. dawnym zamku biskupim.

Gdy okazało się, że pomieszczenie jest za małe dla szybko rosnącej grupy wiernych gmina ewangelicka, która już w 1836 r. stała się już gminą samodzielną, wysunęła propozycję przejęcia kościoła pofranciszkańskiego. Mimo aprobaty nadprezydenta Prus Wschodnich nie doszło do realizacji tego zamierzenia z powodu ostrego sprzeciwu miejscowych katolików. Wówczas rząd Pruski wyraził zgodę na budowę nowego kościoła i ustawą z 20 maja 1847 r. król Fryderyk Wilhelm III podarował gminie niewielki teren znajdujący się miedzy kościołem św. Andrzeja a zakolem Kanału Młyńskiego. W przeszłości był to ogród należący do klasztoru franciszkańskiego.

Przy pomocy ewangelickich pastorów w Niemczech zebrano potrzebne fundusze i 22 maja 1870 r. wmurowano kamień węgielny. Budowa kościoła trwała tylko rok, 28 września 1871 r. Konsystorz Sondermann z Królewca w obecności przedstawicieli diecezji i miejscowych władz dokonał poświęcenia długo oczekiwanej świątyni. Była to budowla mogąca pomieścić ok. 400 osób w tym 300 siedzących.

Świątynia wystawiona została w stylu neogotyckim, jednonawowa, murowana z jasnej cegły, w bocznych ścianach umieszczono po cztery witrażowe okna, całość przykryta dwuspadowym dachem. Przy budowie zachowano orientalne usytuowanie z absydą na wschód i 30 metrową wieżą na zachód. Wyposażenie było bardzo skromne i składało się tylko z drewnianych ławek, organów, małego ołtarza i ambony. Ogólnie budynek zachowany jest w dobrej kondycji chociaż wygląda na zapomniany i opuszczony gdyż niestety nie pełni już swojej pierwotnej funkcji.

Na przełomie lat 50 i 60 ubiegłego wieku nie było już wyznawców tego Kościoła, miasto opuścił ostatni pastor. Świątynia uległa dewastacji; zniszczeniu uległo wyposażenie i organy, zdemontowano dzwony. W konsekwencji została przejęta przez skarb państwa a następnie przekazana na potrzeby Muzeum Warmii i Mazur i obecnie jest to składnica zabytków ruchomych.

Ciekawostką jest jeden z eksponatów tego magazynu znajdujący się na zewnątrz, wygląda jak wielka wykuta z kamienia „tajemnicza głowa”. Jest to w rzeczywistości pomnik gen. K. Świerczewskiego, kiedyś znajdujący się przed jedną ze szkół w Olsztynie a po 1990 r. zdemontowany i przywieziony do Barczewa.