Pobudowany około 1325 roku, a następnie rozbudowany w latach 1380-1390 w stylu gotyckim był jednym ze skrzydeł zespołu klasztornego. W roku 1594 dobudowano kaplicę św. Antoniego, w której umieszczono nagrobek Andrzeja Batorego i jego brata Baltazara z 1598 r. W roku 1595 do klasztoru sprowadzono bernardynów. Kościół na przełomie XVI i XVII w. był przebudowany. Posiada bogaty wystrój wnętrza z XVII i XVIII w. W posadzce kościoła widnieje płyta nagrobna biskupa warmińskiego Piotra Tylickiego z 1655 r. W 1982 r., po 172 latach nieobecności do klasztoru w Barczewie powrócili bernardyni. W 1987 r. wybudowano dom klasztorny, a od lipca 1989 r. kościół poklasztorny franciszkanów stał się kościołem parafialnym. (encore55)