Kiedy zbliżał się ku schyłkowi XIX wiek, na Placu Saskim rozpoczęto budowę ogromnego soboru. Miał stanowić kolejny symbol Rosji w niepokornym mieście. W roku 1894 w miejscu poświęconym przez arcybiskupa Flawiana położono kamień węgielny.

Wybór tego właśnie punktu był nieprzypadkowy. Plac Saski miał szczególną kartę w dziejach polsko-rosyjskich. Wszakże odbywały się na nim maskarady organizowane przez wielkiego księcia Konstantego, który ćwiczył swoich żołnierzy tak rygorystycznie, że upokorzeni popełniali samobójstwa. Z Placem Saskim wiąże się także inne upokorzenie Warszawy, jakim było wystawienie w dniu 29 listopada 1841 roku zaprojektowanego przez Corazziego paskudnego nawet w swoim wyglądzie „Obelisku Hańby”, czyli pomnika generałów, który przetrwał do 1894, kiedy przeniesiony został na Plac Zielony (dziś Jana Henryka Dąbrowskiego).

Głównym projektantem soboru i trochę oddalonej od niego 70-metrowej dzwonnicy (była najwyższą wieżą w ówczesnej Warszawie, w której umieszczono pięknie brzmiący, piąty co do wielkości w całym Imperium Rosyjskim, dzwon) był petersburski architekt Leontij Benois. Szefem budowy mianowano Łotysza prof. Instytutu Politechnicznego w Warszawie Piotra Leeddersa. Zewnętrzny wystrój soboru nie wzbudzał zachwytu. Uważano go nawet za nieładny. Wyłożone mozaiką ściany o dość gwałtownej kolorystyce żarły się wręcz z sąsiadującą z soborem architekturą o zupełnie innej skali i tonacji. Urzekało natomiast niezwykłe wnętrze chramu wypełnione ikonami, wizerunkami i obrazami. Dominowały przedstawienia Chrystusa i liczne (było ich dwanaście) sceny z jego życia, w tym chrzest w Jordanie i rozległe pejzaże Jerozolimy, o której nauczał Chrystus. Na wszystkich ścianach umieszczone były wizerunki apostołów i ojców Kościoła prawosławnego. Na głównym obrazie widniał wizerunek patrona soboru – Aleksandra Newskiego, szczególnej postaci w dziejach prawosławia.

Krótki byt soboru zakończył się wraz z wkroczeniem do Warszawy Niemców. Zniszczyli miedziane i złote blachy pokrywające kopuły, wydarli mozaikę, a potem przebudowali świątynię po swojemu. W prawosławnym soborze, przemianowanym na kościół św. Henryka, odprawiano nabożeństwa tylko w języku niemieckim. Po odzyskaniu niepodległości w 1918 roku dawny sobór stał się kościołem garnizonowym, ale jego dzieje zbliżały się do końca. W latach 20. został zburzony. Tym samym przestał istnieć kolejny symbol caratu.

Pamiątki po soborze przeniesiono w części do praskiej cerkwi św. Marii Magdaleny (niektóre obrazy). Z mocnego kamienia, za który – podobnie jak za budowę całego soboru – zapłacił Skarb miasta Warszawy, ułożono nawierzchnię alei Waszyngtona i 500-tmetrowy odcinek nadwiślańskiego bulwaru. Tak oto ziściło się osobliwe proroctwo ojca Joanikija, którego nikt nie chciał słuchać, a który w opinii ludu prawosławnego uchodził za cudotwórcę. Ostrzegał on, że wraz z zakończeniem budowy soboru w Warszawie upadnie prawosławna Rosja. Pobożny mnich słał jedno ostrzeżenie za drugim. Modlił się, by ręka Boska powstrzymała tych, którzy po raz kolejny chcieli postawić polskiej stolicy rosyjską pieczęć. Nie powodowała nim jednak przyjaźń względem Warszawy, ale lęk o losy prawosławia.