Klasztor i kościół pw. św. apostołów Piotra i Pawła znajdują się przy ulicy Krakowskie Przedmieście 42.
Do Polski zakon kapucynów sprowadzony został w 1861 roku przez króla Jana III Sobieskiego. Do Lublina przybyli w 1724 roku na mocy aktu wydanego w dniu 1 listopada 1721 roku przez wielkiego marszałka litewskiego, księcia Pawła Karola Sanguszkę. Kościół oraz klasztor wybudowano w latach 1726-33 według projektu architekta warszawskiego Karola Baya w stylu baroku toskańskiego. W dniu 16 sierpnia 1733 roku świątynia została konsekrowana przez biskupa chełmskiego Jana Feliksa Szaniawskiego i otrzymała wezwanie św. apostołów Piotra i Pawła. W XVIII wieku klasztor był ośrodkiem kultu św. Fidelisa z Sigmaringen.
W latach 1858-60 do kościoła dobudowana została neogotycka kaplica pw. Niepokalanego Serca NMP z fundacji Jadwigi i Anieli Jezierskich, według projektu Michała Kamińskiego i Bolesława Podczaszyńskiego. Autorem figury Najświętszej Marii Panny w ołtarzu był Władysław Oleszczyński. W dniu 1 maja 1960 roku została ona poświęcona przez sufragana lubelskiego, biskupa Walentego Baranowskiego. W klasztorze mieściło się studium filozoficzno-teologiczne, którego studentem w latach 1849-51 był błogosławiony Honorat Koźmiński.
W nocy z 27 na 28 w listopada 1864 roku klasztor uległ kasacie, a zakonnicy zostali wywiezieni do Łomży. Ogród podzielony został na parcele budowlane i wraz z budynkiem klasztornym sprzedany na licytacji przez władze carskie. Do Lublina kapucyni powrócili dopiero po odzyskaniu niepodległości 1 lipca 1919 roku. Stopniowo odzyskiwali pomieszczenia, a w 1932 roku wykupili cały budynek od prywatnych właścicieli. Od roku 1931 w gmachu mieściło się studium teologii, którego rektorem od 1938 roku był błogosławiony Henryk Krzysztofik. Studentami jego byli w latach 1935-38 błogosławieni Florian Stępniak i Fidelis Chojnacki, którzy zostali zamordowani w Dachau, a w dniu 13 czerwca 1999 roku w Warszawie zostali wyniesieni przez Ojca Świętego Jana Pawła II do chwały ołtarzy w gronie 108 męczenników II wojny światowej. Po wybuchu II wojnie zakonnicy zostali aresztowani przez okupanta hitlerowskiego i początkowo uwięzieni na Zamku Lubelskim, a następnie wywiezieni do obozu w Sachsenhausen, stamtąd zaś 14 grudnia 1940 do Dachau.
Po zakończeniu działań wojennych w jednej części klasztoru mieściło się w latach 1945-54 studium filozoficzno-teologiczne, w latach 1954-57 tylko studium teologii, natomiast w latach 1970-91 ponownie studium filozoficzno-teologiczne, z kolei w drugiej, która została zajęta przez władze państwowe, internat szkolny i sklepy. Dopiero w 1987 roku cały obiekt stał się własnością zakonu.