Wiek XIX był okresem dynamicznego rozwoju dzielnicy Bydgoszczy nazywanej Bocianowo. Rozrastające się miasto oraz rosnąca liczba ludności była przyczynkiem budowy nowej szkoły w latach 1896-1898 przy Placu Zbawiciela (dzisiaj przy ulicy Sowińskiego). W budynku zaprojektowanym w stylu neogotyckim przez znanego architekta Carla Meyera umieszczono Podwójną Szkołę Ludową nr 6 nazywaną „Karlschule”. Szkoła składała się z Szóstej Chłopięcej Szkoły Ludowej (niem. Sechste Knabenvolksschule) i Szóstej Dziewczęcej Szkoły Ludowej (niem. Sechste Mädchenvolksschule). W 1918 r. dokonano rozbudowy obiektu o skrzydło boczne z salą gimnastyczną.

Szkoły niemieckie mieściły się tutaj do 1925 r., do czasu powołania siedmioklasowej polskej Szkoły Powszechnej im. Henryka Sienkiewicza, którą rozdzielono w 1936 r. na żeńską i męską. Nowa szkoła otrzymała imię Józefa Sowińskiego. Po zakończeniu II wojny światowej w budynku siedzibę miały dwie szkoły podstawowe oznaczone numerami 2 i 3. Od 1962 r. do dziś mieści się tutaj Szkolne Schronisko Młodzieżowe.