Historia stojących w środkowej części Wyspy Młyńskiej potężnych budynków dawnych młynów Rothera sięga pierwszej połowy XIX w.

W 1825 r. istniejące dotychczas na wyspie młyny przejęło konsorcjum finansowe należące m.in. do właścicieli tutejszej rafinerii cukru, braci Schicklerów, tworząc spółkę pod nazwą Bydgoskie Młyny "Herkules". Przetwarzano tutaj zboże pochodzące z Pomorza i Królestwa Polskiego, a mąkę wysyłano m.in. do Niemiec, Wielkiej Brytanii, a nawet do Brazylii. W 1842 r. zakłady młynarskie przejęło państwo pruskie, a rozbudowany kompleks otrzymał nazwę Młyny Królewskie.

W latach 1849-1851 powstał zespół budynków określany mianem młynów Rothera. Składał się z głównego czterokondygnacyjnego, murowanego budynku głównego i dwóch pięciokondygnacyjnych, szachulcowych skrzydeł. Od 1886 r. młyny zasilane były energią elektryczną. W 1919 r. zakłady przejęła gmina Bydgoszcz, aby w 1921 r. przekazać je polskiemu Skarbowi Państwa, w imieniu którego od 1928 r. zarządzało nimi przedsiębiorstwo Państwowe Zakłady Przemysłowo-Zbożowe. Od 1945 r. do lat dziewięćdziesiątych XX w. młyny należały do Państwowego Przedsiębiorstwa Zbożowo-Młynarskiego.

Obecnie trwa rewitalizacja kompleksu, w którym ma się znaleźć stylowy zespół hotelowo-konferencyjny.