Kościół Karola Boromeusza przy ulicy Powązkowskiej 14 został wybudowany jako podmiejska świątynia cmentarna. Elewacja frontowa kościoła skomponowana została w porządku doryckim, była bardzo płaska i wsparta na czterech pilastrach, pomiędzy którymi znajdowały się drzwi. Nad drzwiami mieściła się tablica inskrypcyjna, wysokie okno, nad nim gzyms, a nad gzymsem architraw z fryzem. Zachodnia elewacja boczna posiadała dwa okna, małe drzwiczki, które prowadziły na cmentarz. Był kryty dachówką holenderką. W kościele znajdowały się trzy ołtarze. W ołtarzu głównym zlokalizowany był obraz świętego Karola Boromeusza namalowany przez Józefa Walla. Ofiarodawcą jego był prymas Michał Poniatowski. Obraz przedstawia świętego Karola Boromeusza, który unosi się w obłokach, a w lewym rogu ukazany jest Kuźma, który porzuca zamysł uprowadzenia króla, padając skruszony do stóp Stanisława Augusta. Lewa ręka świętego, która wyciągnięta jest ku dołowi, wskazuje na cudowne uratowanie króla. Poświęcenie kościoła nastąpiło 23 października 1792 roku. W czerwcu 1891 roku miała miejsce przebudowa kościoła, która została ukończona 1895 roku według projektu Piusa Dziekońskiego. Zachowana została jedynie ściana fundamentalna we frontonie kościoła, w pierzei ulicy Powązkowskiej, zaś pozostałe ściany wyburzono. Został on ustawiony na planie krzyża rzymskiego, dobudowano transept, część prezbiterialną z zakrystiami, a na przecięciu krzyża wzniesiono kopułę, która była wzorowana na kopule kościoła św. Karola Boromeusza w Wiedniu. Ramiona transeptu zamykają ołtarze boczne. W prześwicie między wieżami umieszczony został anioł śmierci, który mówił o przeznaczeniu świątyni. Ołtarz główny jest wykonany z kamienia szydłowieckiego i zajmuje całe prezbiterium. W ołtarzu mieści się obraz św. Karola Boromeusza autorstwa Walla, a w górnej jego części obraz przedstawiający Serce Jezusowe pędzla Hadziewicza. W transepcie ołtarza Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny ulokowany jest obraz namalowany przez Józefa Łukasiewicza, którego fundatorem był Franciszek Czaban. Ołtarz św. Józefa z obrazem pędzla Alfreda Schouppea ufundowany został przez Gustawa Fosińskiego. W przecięciu transeptu z prezbiterium umieszczona została ambona, natomiast po przeciwnej stronie ogromny krzyż, który pochodzi z końca XVIII wieku. Polichromia w świątyni została wykonana przez firmę Antoniego Jana Strzałeckiego we współpracy z braćmi, Wandalinem i Janem. Strzałecki zatrudniał studentów szkoły Gersona, jednym z nich był Zdzisław Jasiński, który wykonał polichromie ewangelistów. W 1944 roku kościół został poważnie uszkodzony. W 1960 roku rozpoczęto prace przy odbudowie świątyni pod kierunkiem profesora Stanisława Marzyńskiego.