Cmentarz powstał na początku XIX wieku na wzgórzu w miejscu dawnej fortyfikacji ziemnej wchodzącej w skład obszaru warownego, chroniącego miasto Kraków. W czasie powstania styczniowego, nocą 4 marca 1863 roku, oddziały Mariana Langiewicza rozbiły kompanię rosyjską obozującą na cmentarzu. Tu też pochowano poległych w czasie bitwy powstańców. Obecnie ich szczątki znajdują się w zbiorowej mogile obok zamku w Pieskowej Skale. W starej części nekropolii znajdują się groby pochodzące z przełomu XIX i XX wieku. Najstarszy zachowany, kamienny nagrobek pochodzi z 1851 roku. Na cmentarzu pochowani są między innymi zasłużeni mieszkańcy Skały, miejscowi księża i żołnierze polegli w I wojnie światowej.