Parafię pod wezwaniem Ducha Świętego Pocieszyciela wydzielono z parafii pw. Świętego Brunona w Giżycku w dniu 14 pażdziernika 1990 roku. Krzyż parafialny, który został ustawiony na placu budowy przyszłego kościoła, został przyniesiony na ramionach parafian z kościoła pw. Świętego Brunona w dniu 4 pażdziernika 1991 roku. W wydzierżawionych pomieszczeniach po ośrodku wypoczynkowym "Róża Wiatrów" Funduszu Wczasów Pracowniczych mieściła się tymczasowa kaplica, mieszkania księży oraz biura parafii. Papież Jan Paweł II, będąc na pielgrzymce w Polsce w 1991 roku, poświęcił w Olsztynie kamień węgielny pod budowę mającego powstać w Giżycku kościoła. Budowa świątyni nastąpiła w 1993 roku, a w 1995 roku zaczęto odbywać w nim nabożeństwa. Ks. bp Edward Samsel (bp ełcki) dokonał poświęcenia kościoła w dniu 26 września 1999 roku. Dom parafialny wybudowany został w latach 2000-2009. Parafia pw. Ducha Świętego Pocieszyciela liczy obecnie ok. 5800 katolików.