Kościół znajduje się na Marymoncie, u zbiegu ulic Gdańskiej i Dembińskiego, na niewielkim wzgórzu, na którym pierwotnie stał pałacyk zaprojektowany przez Tylmana z Gameren (wybudowany w latach 1692-95) dla królowej Marii Kazimiery, żony Jana III Sobieskiego. Z upływem lat Marymont przechodził zmienne koleje losu, zaś pałacyk był w posiadaniu następnych właścicieli i popadał w ruinę. Początki kościoła i parafii datuje się na rok 1916, kiedy to księża Marianie w zniszczonym pałacyku urządzili publiczną kaplicę dla mieszkańców Marymontu. W 1924 r., po gruntownej przebudowie, kaplica uzyskała wezwanie Matki Bożej Królowej Polski. Kolejna ważna data w historii świątyni to rok 1959, kiedy to nadano jej prawa kościoła parafialnego. Po trwających siedem lat przebudowach i wyposażaniu wnętrza, w dniu 11 październiku 1966 r., prymas kardynał Stefan Wyszyński dokonał uroczystej konsekracji kościoła.