Komitet Budowy Kościoła w Podkowie Leśnej zawiązał się w 1932 r. Jego członkowie uznali, że w mieście-ogrodzie powinien znaleźć się kościół-ogród. Inspiracją projektu był polski pawilon wystawowy w Paryżu ze szklanymi drzwiami, przez które wychodziło się na ogród.

Wmurowanie kamienia węgielnego odbyło się 11.11.1932 r. Środki na budowę pochodziły od mieszkańców Podkowy Leśnej. Projekt ogrodu wokół kościoła wykonał Zygmunt Hellwig, który znany jest także z realizacji zegara kwiatowego i kwietnych dywanów w Ciechocinku, Ogrodu Botanicznego w Łodzi oraz parku im. gen. Józefa Sowińskiego w Warszawie. W czasach powojennych wstrzymano prace. Dopiero w 1964 r. powrócono do realizacji koncepcji urządzenia ogrodu.

Ogród podzielono na 8 sektorów tematycznych, wśród nich: przyroda chroniona Polski, ogród biblijny, ptasi raj, ogród ziołowy. W latach 1964-1991 proboszczem parafii pw. św. Krzysztofa był ksiądz Leon Kantorski. To tu w 1965 r. wykonano mszę beatową (rockową). W latach 80. w kościele odbywały się "msze za ojczyznę” oraz spotkania z opozycjonistami.