W XVII w. parafia w Lechlinie należała do kapituły poznańskiej a pod koniec XVIII w. wraz z okolicznymi dobrami przeszła na własność rodu Duninów. Po pożarze drewnianego kościoła, w 1850 r. postawiono obecną murowaną świątynię. Jej fundatorem był miejscowy dziedzic Franciszek na Skrzynnie - Dunin.

Smutnym wydarzeniem w historii kościoła była tragiczna śmierć Bolesława Goetzendorf-Grabowskiego podczas procesji Bożego Ciała. Stało się to na stopniach jednego z ołtarzy 10 czerwca 1909 r. Obok świątyni stoi dzwonnica, w której wiszą dwa dzwony oraz sygnaturka.