Oddzielona jest od bazyliki malowniczym zaułkiem zwanym ulicą Plebania. Brukowana uliczka jest tak wąska, że zawsze panuje tu cień i chłód. Obecny budynek plebanii powstał w 1518 roku na miejscu wcześniejszego, skromniejszego. Inicjatorem budowy był Maurycy Ferber - ówczesny proboszcz świątyni, późniejszy biskup Warmii i przełożony Mikołaja Kopernika. Warto zobaczyć z bliska zachowany na fasadzie plebanii od strony zaułka XVI-wieczny portal i rodowy herb Ferberów - trzy głowy dzików na złotym tle. Nad portalem zamieszczona jest łacińska inskrypcja, która w tłumaczeniu na język polski brzmi: "Niech będzie ozdobą hojności Ferbera”.