Wydawałoby się, że w gęsto zabudowanym dużym mieście archeolodzy nie mają raczej wiele do roboty. Tak jest rzeczywiście w większości starych miast, ale nie w Gdańsku, który w 1945 r. został praktycznie zrównany z ziemią i to, co dzisiaj można w nim zobaczyć, jest w dużej mierze efektem powojennej odbudowy. Rekonstrukcja przeprowadzona w okresie PRL nie była jednak zbyt dokładna. Wiele kamienic celowo nie odtworzono, pozostawiając na ich miejscu puste place, które zgodnie z koncepcją "rozrzedzania" średniowiecznej zabudowy zamieniono na zieleńce.
Po 1989 r. miasto zaczęło się dynamicznie rozwijać i te puste przestrzenie w samym centrum stały się łakomym kąskiem dla inwestorów. Ponowne zabudowanie tych działek wymaga jednak przeprowadzenia badań wykopaliskowych i dlatego Gdańsk jest w tej chwili jednym z największych w Polsce poligonów archeologicznych. Co roku w kilku punktach miasta otwierane są nowe wykopy, każdy sezon przynosi nowe fascynujące odkrycia, które w zasadniczy sposób zmieniają obraz najstarszych dziejów miasta, wypracowany na podstawie bardzo szczupłych źródeł pisanych.
Badania prowadzone są głównie w sezonie letnim, dlatego turyści mogą często zza płotu obserwować poczynania archeologów. Wyniki tych prac prezentowane są na konferencjach i sukcesywnie publikowane w naukowych periodykach, a część pozyskanych eksponatów warto zobaczyć na stałej wystawie w Muzeum Archeologicznym przy ul. Mariackiej.
Oprócz zabytków związanych z historią Gdańska muzeum posiada również wyjątkowo bogatą kolekcję tzw. urn twarzowych, czyli glinianych popielnic z kręgu kultury pomorskiej, która istniała na okolicznych terenach we wczesnej epoce żelaza. Urny twarzowe, będące jednym z najbardziej oryginalnych wytworów miejscowych kultur prehistorycznych, zawdzięczają swoją nazwę plastycznym wyobrażeniom twarzy ludzkiej umieszczanym na szyjce naczynia, które kształtem przypomina pękaty garnek. Twarze te są dosyć schematyczne i raczej nie odzwierciedlają indywidualnych cech zmarłego. W dolepionych uszach popielnic tkwią często kolczyki z bursztynowymi paciorkami, a od góry zamykają je pokrywki przypominające czapki. Według jednej z hipotez, której prawdziwości nie można oczywiście w żaden sposób sprawdzić, popielnice te miały symbolizować łono bogini, z którego zmarły odrodzi się do nowego życia. W muzeum jest również osobna ekspozycja poświecona pradziejom bursztynnictwa oraz wykopaliskom w starożytnej Nubii (na terenie Sudanu), w których od lat uczestniczą gdańscy archeolodzy.
Niektóre badania archeologiczne na terenie miasta kończą się utworzeniem ekspozycji in situ, czyli w miejscu odsłonięcia jakiegoś ciekawego obiektu tworząc atrakcję turystyczną dla odwiedzających Gdańśk. W ostatnich latach największą sensacją archeologiczną było odkrycie fundamentów pierwotnego kościoła dominikańskiego pw. św. Mikołaja, przy którym już w 1227 r. książę Świętopełk osadził duchowych synów św. Jacka, sprowadzonych z Krakowa. Klasztor dominikański został w XIX w. skasowany przez władze pruskie i rozebrany, a na jego miejscu wybudowano halę targową. W trakcie remontu hali okazało się, że pod ruinami klasztoru znajduje się ogromny cmentarz i fundamenty kościoła z XII w., który jest najstarszym obiektem sakralnym odkrytym na terenie Gdańska. W tej sytuacji zmieniono plany budowy i w podziemiach hali, między straganami z mięsem i rybami urządzono ekspozycję archeologiczną ukazującą pozostałości tej świątyni.