Muzeum Reformacji Polskiej w Mikołajkach założył w 1973 roku ks. Władysław Pilch-Pilchowski (1913-2008) - proboszcz kościoła ewangelicko-augsburskiego. Początkowo muzeum mieściło się w kościele, później w dawnym budynku liceum im. Marion von Dönhof, a od 2002 roku ma swoją siedzibę w nowym budynku przy Placu Kościelnym 4.

W muzeum zgromadzono zabytki piśmiennictwa polskiego na Mazurach do 1945 roku. Muzeum jest czynne w sezonie turystycznym w godzinach od 9 do 17.