Pierwotna świątynia (XIV w.) była drewniana. Po 1407 r. zbudowano kościół murowany z fundacji Władysława Jagiełły, który w 1418 r. przekazano Akademii Krakowskiej. Obecny, późnobarokowy (1689-1703), wzniesiono wg proj. słynnego holenderskiego architekta Tylmana z Gameren. Zabytek ten ma piękną fasadę z figurami świętych. We wnętrzu warto zobaczyć polichromie i bogatą dekorację rzeźbiarską oraz liczne epitafia profesorów Uniwersytetu.