Historia uczelni sięga 1364 r., kiedy to król Kazimierz Wielki uzyskał zgodę papieża na założenie uniwersytetu w Krakowie - stolicy królestwa. Studium Generale, bo tak pierwotnie nazywała się szkoła, było drugim - po powstałym w 1348 r. w Pradze - uniwersytetem w środkowej Europie. Na początku były trzy wydziały: prawa, medycyny i nauk wyzwolonych. W 1400 r., dzięki staraniom królowej Jadwigi i Władysława Jagiełły, zaczął działać wydział teologiczny, wówczas uważany za najbardziej prestiżowy.

Pierwsze kilkaset lat Studium to okres wspaniałego rozkwitu. W Krakowie studiowali m.in. Mikołaj Rej, Andrzej Frycz Modrzewski i Jan Kochanowski. Kiedy jednak miasto zaczęło przeżywać trudności związane z wojnami i pogarszającą się sytuacją gospodarczą, również dla Studium nastały gorsze lata. Tak było do czasu reformy przeprowadzonej w drugiej połowie XVIII w. przez Hugo Kołłątaja - wizytatora z ramienia Komisji Edukacji Narodowej, później rektora uczelni. Wtedy powstały: obserwatorium astronomiczne, ogród botaniczny, kliniki i pierwsze laboratoria. Profesorami zostali uczeni wykształceni za granicą w duchu filozofii oświecenia, m.in. Jan Śniadecki i Jan Jaśkiewicz. W 1817 r. szkoła przyjęła obecną nazwę - Uniwersytet Jagielloński (powszechnie zwany UJ-otem). W jego murach w 1883 r. Zygmuntowi Wróblewskiemu i Karolowi Olszewskiemu udało się skroplić tlen. Na studia przyjeżdżała młodzież ze wszystkich trzech zaborów, gdyż tylko tutaj wykłady były prowadzone w języku polskim.

Po odzyskaniu niepodległości rola uczelni nie malała. W czasie II wojny światowej była zmuszona działać w konspiracji. Zajęcia odbywały się potajemnie. 6 XI 1939 r. 183 profesorów krakowskich uczelni zgromadzonych w Collegium Novum na inauguracji roku akademickiego zostało aresztowanych przez hitlerowców. Kilkudziesięciu z nich, wywiezionych do obozów pracy, wkrótce zginęło. W 1964 r. Uniwersytet Jagielloński hucznie obchodził 600-lecie istnienia. Było co świętować, gdyż wiedzę zdobywali tu najwybitniejsi z Polaków: poczynając od astronoma Mikołaja Kopernika, przez króla Jana III Sobieskiego, kończąc na Karolu Wojtyle - papieżu Janie Pawle II. W XX w. UJ wykształcił noblistkę Wisławę Szymborską, a także Sprawiedliwego Wśród Narodów Świata - Tadeusza Pankiewicza, który podczas II wojny światowej prowadził jedyną w krakowskim getcie aptekę. Do absolwentów uczelni należą też m.in. znani dziennikarze - Przemysław Babiarz i Katarzyna Kolenda-Zaleska, pisarze - Dorota Terakowska i Stanisław Lem, a także premier Józef Cyrankiewicz i brytyjski historyk Norman Davies.