Kościół św. Andrzeja - romański, obronny, został wzniesiony w latach 1079-1098. Jest to jedyna świątynia w Krakowie, która oparła się najazdowi tatarskiemu (1241). W XVII w. podwyższono wieże i nakryto je barokowymi hełmami, a na przełomie XVII i XVIII w. zmieniono wystrój wnętrz na barokowy. Kościół powstał z fundacji palatyna księcia Władysława Hermana- Sieciecha. Przebudowano go w XII w. Od początku był budowlą obronną o czym najepiej świadczą grube mury, strzelnice w ścianach, wieże obserwacyjne z okienkami wysoko położonymi.

W 1316 roku przy kosciele osiadły Klaryski, wcześniej mieszkające w Skale, grodzisku koło Ojcowa. Wtedy przekazano im na własność ten kościół i są tu do dziś. Wystrój wewnętrzny jest barokowy. Twórcą przepięknych stiuków był Baltazar Fontana, a malowideł Karol Dankwart. Przedstawiają one sceny z życia błogosławionej Salomei. Ołtarz główny wykonał Franciszek Placidi. Znajduje się w nim obraz patrona kościoła, św. Andrzeja. Po prawej stronie ołtarz błogosławionej Salomei z XVIII w. Ciekawa jest ambona, rokokowa w kształcie łodzi, symbol kościoła. W kościele już za klauzurą znaleziono najstarsze, romańskie malowidła. W klasztorze siostry przechowują XIV-wieczne figurki jasełkowe podarowane przez siostrę Kazimierza Wielkiego Elżbietę Łokietkównę.

Jedna z wersji historyków mówi, że kościół miał początkowo wezwanie św. Idziego i był fundacją Władysława Hermana za urodzenie Krzywoustego, dopiero później wezwanie przeniesiono na dzisiejszy kościół tegoż świętego znajdujący się pod samym Wawelem.