Kościół św. św. Piotra i Pawła został zbudowany w latach 1597-1619. Wzorowany na jezuickim kościele Il Gesu w Rzymie, był pierwszym barokowym kościołem w Krakowie. Jezuici po przybyciu do Krakowa szukali miejsca w centrum miasta na budowę swojej świątyni. Dostali co prawda kościół św. Szczepana, ale w owych czasach jego lokalizacja uznawana była za peryferyjną.

Zakonnicy brali pod uwagę budowę kościoła na miejscu kilku kamienic przy Rynku, na rogu ulicy Wiślnej. Rada miasta nie zgodziła się jednak na takie rozwiązanie. W końcu biskup krakowski Jerzy Radziwiłł, z poparciem ks. Piotra Skargi i samego Zygmunta III zakupił kilka parceli przy Drodze Królewskiej, na ulicy Grodzkiej. Tam zaczęto budować olbrzymi kościół według projektów włoskich architektów. Niestety mury zaczęły pękać w czasie budowy. Ostatecznie prace zakończył Jan Trevano, nadworny architekt królewski. Skorygowano projekty i postawiono kopułę. Ukończono też fasadę i wyposażenie wnętrza.

Po kasacie zakonu jezuitów kościół przejęła Komisja Edukacji Narodowej, potem mogilscy cystersi. Na przełomie XIX i XX w., stał się on kościołem garnizonowym, a następnie został cerkwią prawosławną. W końcu w 1832 r. przeniesiono tu parafię Wszystkich Świętych (po zburzeniu kościoła pod tym wezwaniem).

Wejście do kościoła poprzedza plac. Przed nim jako ogrodzenie ustawione są posągi 12 apostołów pochodzące z lat 1721-1723 (Dawid Heel). Obecnie są to kopie. W kościele warto zwrócić uwagę na niezwykłe oszczędne jak na barok wyposażenie. W prezbiterium znajduje się późnobarokowy ołtarz główny zaprojektowany przez Kacpra Bażankę. W części środkowej zaś obraz Józefa Brodowskiego, przedstawiający wręczenie kluczy św Piotrowi z XIX w. Górna część ołtarza to rzeźba przedstawiająca apoteozę św. Pawła. Po bokach zaś mamy katedry - po lewej Rzymską podtrzymywaną przez ojców kościoła: św. Hieronima i Augustyna, a po prawej Antiocheńską ze świętymi: Cyrylem Aleksandryjskim i Cyrylem Jerozolimskim.Tłem dla ołtarza jest piękny stiuk ze scenami związanymi ze świętymi Piotrem i Pawłem. Wykonał go Jan Falconi.

Na północnej ścianie znajduje się wspaniały nagrobek biskupa Andrzeja Trzebickiego, a po stronie południowej obraz z ołtarza głównego kościoła Wszystkich Świętych. Pod prezbiterium znajduje się krypta, gdzie złożono ciało kaznodziei królewskiego Piotra Skargi. Planuje się poszerzenie krypt i utworzenie tu panteonu narodowego.