Dawna cerkiew unicka ten niepozorny, niewielki budynek jest prawdziwą perłą polskiego prawosławia i zarazem najstarszym tego typu obiektem sakralnym w Polsce. Mieści w sobie prawdopodobnie mury kościoła katolickiego z końca XIV w. Powstała dzięki możnowładcom z wielkopolskiego rodu Górków.

Główny korpus cerkwi pochodzi z ok. 1560-1570 r. Po ustanowieniu unii brzeskiej w 1596 roku cerkiew przejęli unici. Pozostała w ich rękach aż do 1867 roku, gdy przejęli ją prawosławni. Budowla była restaurowana i przebudowywana w XVII i XIX w. Nieczynna od I wojny światowej. W latach powojennych pełniła funkcje magazynu, później stała nieużywana i niezabezpieczona.

W marcu 2008 r. z przyznanych środków z Unii Europejskiej została odrestaurowana. Remont ukończono w 2010 r. Obecnie jest to filialna cerkiew Zaśnięcia Przenajświętszej Bogurodzicy należąca do parafii prawosławnej św. Jerzego w Biłgoraju. Ze starego wyposażenia zachowały się lite żelazne drzwi z datą 1560, które od 1984 znajdują się w Zamościu i unikatowe XVI i XVII wieczne polichromie.

Szczebrzeszyńska cerkiew została już otwarta dla turystów, klucz znajduje się w domu kultury, a zwiedzanie jest bezpłatne.