Parafia w Stężycy powstała w XIII w. i pierwotnie obejmowała obszar od Szymbarku i Brodnicy po Sulęczyno. W XVI w. z powodu ruchów reformatorskich świątynia była w posiadaniu protestantów. Odnowa katolicka nastąpiła pod koniec XVI w., miedzy innymi pod wpływem działań bpa kujawskiego Hieronima Rozrażewskiego.

Obecny kościół wybudował ks. Jan Franciszek Alshut, świątynię konsekrowano w 1706 r. W czasie rozbiorów parafia była nie tylko ośrodkiem krzewienia wiary, ale i ostoją polskości na Kaszubach.