Parafię w Ciechanowcu erygowano w 1617 roku, a pierwszy drewniany kościół został spalony przez Szwedów 1657 roku. Na jego miejscu powstał w 1696 roku drugi także drewniany. Obecny, barokowy kościół pw. Trójcy Przenajświętszej został zbudowany w latach 1737-1739 przez Franciszka Maksymiliana Ossolińskiego, podskarbiego nadwornego koronnego. Budowniczym świątyni był Jan Krzysztof Adrian Kluk - ojciec znanego przyrodnika, członka Komisji Edukacji Narodowej ks. Krzysztofa Kluka, późniejszego proboszcza ciechanowieckiego.

Świątynia została poważnie zniszczona w czasie pożaru miasta w 1916 roku, a także podczas wojny z bolszewikami w 1920 roku. Odbudowę przeprowadzono w 1924 roku. Podobnie było podczas II wojny światowej, w 1941 roku. Po wojnie kościół odbudowano i położono nową posadzkę.