Kościół i klasztor augustianów pod wezwaniem św. Marcina, pozostawał własnością konwentu aż do kasaty zakonu w 1866 r. Klasztor ten ufundowany w 1353 r. przez księcia Siemowita Mazowieckiego i zbudowany w stylu gotyckim, uległ kolejnym przebudowom w XVII i XVIII w., by uzyskać ostatecznie kształt późnobarokowy. Szczególnie interesująca jest fasada oraz dzwonnica kościelna z zachowanymi w dolnej części elementami gotyckimi. Pod nią znajduje się przejście na arkadowy dziedziniec klasztorny.
Od średniowiecza aż do ok 1700 r. na wieży kościelnej wieczorami często koncertowała klasztorna kapela. W świątyni odbywały się burzliwe sejmiki szlacheckie. W czasie II Wojny Światowej kościół i klasztor uległy poważnym zniszczeniom. Odbudowane w latach 1953-62 i przekazane siostrom franciszkankom otrzymały nowoczesny wystrój wnętrza, zaprojektowany przez siostrę Almę Skrzydlewską.
Jest to rzadki przykład umiejętnego połączenia zabytkowej architektury z elementami sztuki nowoczesnej. Ciekawe płaskorzeźby, witraże, malarstwo sgraffitowe, kunsztownie kute drzwi, kraty i elementy zdobnicze dodają świątyni szczególnego uroku. Są one dziełem artystów Anny Grocholskiej, Jerzego Machaja i Teresy Reklewskiej. Warto zwrócić uwagę na oryginalne uzupełnienie metalem ubytków spalonego zabytkowego krucyfiksu. Barokowa budowla kościelna z fragmentami w stylu gotyckim ma trzy nawy z prezbiterium i dwiema kaplicami na przedłużeniu naw. W kaplicy Matki Boskiej Bolesnej z XVIII w. (w prawej nawie) znajduje się kopia XVI-wiecznego obrazu z ołtarza głównego oraz gipsowe kopie XV-wiecznych rzeźb. Fragmenty gotyckiego muru zachowane w kaplicy Pana Jezusa świadczą o jej XV-wiecznym rodowodzie.
W podziemiach znajduje się grobowiec zmarłego w 1650 r. Adama Jarzębskiego (kompozytor, muzyk i poeta epoki baroku, autor książki "Gościniec albo opisanie Warszawy 1643 r.", będącej pierwszym przewodnikiem po Warszawie). Na filarach bocznych kościoła umieszczone są tablice poświęcone pamięci bohaterów II Wojny Światowej: żołnierzy Brygady Spadochronowej polskich sił zbrojnych w Wielkiej Brytanii (Cichociemni) oraz harcerek polskich poległych w latach 1939-45.