Na miejscu zburzonego zboru ariańskiego w latach 1640-1645 w Rakowie zbudowany został wczesnobarokowy kościół pw. Świętej Trójcy z fundacji biskupa krakowskiego Jakuba Zadzika. Poświęcony w 1605 r. przez biskupa Wojciecha Lipnickiego sufragana krakowskiego.

Jest to trójnawowa bazylika z czteroprzęsłowym korpusem zamkniętym węższym prezbiterium z absydą. Wewnątrz jednolite późnobarokowe wyposażenie - ołtarz główny z obrazem Matki Bożej słynący łaskimi i osiem ołtarzy bocznych. Biskup Andrzej Dzięga 15 września 2008 roku potwierdził dekretem, że świątynia w Rakowie ma charakter sanktuarium Matki Bożej Cudownej Przemiany.